Ранее пещера Чайка туруханская была единой системой с пещерами Сквозная и Брусничная, имеющая 4 входа (верхний в Брусничной, два средних в Сквозной и нижний в Чайке). При разрушении свода в районе пещеры Сквозная образовалось три независимых пещеры.
В пещере накапливается лёд, но его количество изменяется в зависимости от климатических изменений.
Температура в пещере ниже 0. Пещера продувается и зимой аккумулирует отрицательную температуру.
Пещера была найдена в 2005 году В.Сурсяковым и Ф.Залиевым. На входе в пещеру располагался мощный ледник, в котором была вморожена утка. Именно это позже легло в основу названия пещеры.
Пещера была вскрыта и исследована впервые в 10.03.2006 году Красноярским краевым клубом спелеологов (Залиев Ф., Горбенко А., Корастелёв И.). В этом же году провели ее картографирование и привязку к п.Сквозная (Корастелев И., Щербинина А., Горбенко А., Докукин Н.).