Вход в пещеру имеет форму овальной карстовой воронки размерами 1х1,5 метра. Вход расположен в лесу на северном склоне Торгашинского хребта. В зимнее время над входом образуется снежный карниз. Подход к пещере свободный. Входная воронка находится на пологом редколесном склоне, имеющем удобные ровные места для организации лагеря.
Пещера расположена в 2,5 км от посёлка Водники города Красноярска.
Пещера образовалась в светло-серых массивных известняках среднего-нижнего кембрия торгашинской свиты.
Пещера Гнилая имеет карстовое происхождение, относится к полостям гравитационно-корозионного типа. Ходы пещеры заложены по разлому азимутом 290° на разных уровнях. Пещера относится к вертикальному типу.
На дне второго колодца пещеры наблюдается периодическое озеро.
Температура воздуха в пещере +3°С, относительная влажность 96%.
Натечные образования представлены небольшими участками кальцитовых покровов. По площади пещеры распространены обвально-гравитационные и глинистые остаточные отложения. В нижней части пещеры пол покрыт слоем жидкой глины.
В пещере наблюдаются отдельные особи летучих мышей. Также встречаются различные троглоксены трогломорфные ногохвостки.
Под входным колодцем обнаружено скопление костного материала. Некоторые образцы были изъяты из раскопа хода в нижнюю часть.
Пещера имеет 1 категорию сложности, начинается узким 12-метровым колодцем, выпадающим в галерею с наклонным дном. В верхней части – тупиковый ход, приводящий в несколько камер с висящими со свода корнями растений. В нижней части галереи находится узкий проход, выводящий к колодцу глубиной около 8 м. Пещера заканчивается невысоким гротом, имеющим наклонное дно, в нижней части которого наблюдается периодическое озеро.
Пещера была обследована спелеологами в начале 60-х годов. Грот с озером открыт в 1988 г спелеологами секции КЗТ под руководством Л.Я.Осадчука.