Пещера находится в 15 км от посёлка Шумиха. 7 км от устья Бирюсинского залива до правого берега Козыреевского залива напротив залива реки Долгой. Затем вверх от берега по склону. Вход в пещеру расположен на склоне массива у основания скалы, имеет элипсовидную форму шириной 6 и высотой 4 метра.
Пещера образована в светлых массивных известняках нижнего кембрия.
Тип полости горизонтальный, происхождение карстовое.
Ранее пещера Сквозная была единой системой с пещерами Брусничная и Чайка туруханская, имеющая 4 входа (верхний в Брусничной, два средних в Сквозной и нижний в Чайке). При разрушении свода в районе пещеры Сквозная образовалось три независимых пещеры.
По всей протяженности пещеры распространены обвально-гравитационные отложения и сухая глина.
Пещера не имеет категории сложности и представляет собой сквозной, слегка наклонный тоннель, недалеко от конца которого в своде имеется провальный колодец на поверхность.
Перспектива дальнейшего прохождения присутствуют в завале под колодцем.